不会作废，只要二级注册结构工程师的考试成绩全部通过即永久有效。证书的失效期仅针对已经注册执业后的证书，职业后需要两年重新继续教育之后达到学时才可以继续注册。没注册时永久有效。
二级注册结构工程师考试实行非滚动管理办法，就是参加二级注册结构工程师考试的考生均应在一个考试年度内通过全部考试科目。达到合格标准的考试成绩长期有效。
依照《勘察设计注册工程师管理规定》，二级注册结构工程师每一注册期为三年，二级注册结构工程师发证日期和证书有效期按审核日期和三年有效期前一日为止，注册有效期截止日期不再固定为6月30日和12月31日。电子证书使用有效期为180天，注册有效期不足180天的，使用有效期截止日期以注册有效期截止日期为准。超出使用有效期的电子证书无效，需重新在注册管理系统下载打印电子证书并再次确认使用有效期。打印电子证书后，应在个人签名处手写本人签名，未手写签名或与签名图像笔迹不一致的，该电子证书无效。
（一）持证人申请初始注册、变更注册、延续注册或更改注册印章号的，需重新下载打印电子证书，电子证书与纸质证书信息不一致的，以电子证书为准。持证人跨省调出变更注册、注册证书注销的，电子证书将无法查验，且无法下载。
（二）持证人、注册单位或其他相关单位伪造、变造电子证书的，电子证书一律无效；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
（三）依据《中华人民共和国电子签名法》，按照安全规范要求生成的电子证书与纸质证书具有同等法律效力。各地住房城乡建设行政主管部门在实名制、企业资质、工程招投标、施工许可、工程质量安全、执法监督检查、竣工验收及备案等管理中应对核发的电子注册证书予以认可。
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